Para tener un server con la hora sincronizada por ntp, lo más sano es instalar el paquete «ntp», y punto. Con la config por defecto, un demonio pregunta periódicamente a los servers definidos en /etc/ntp.conf para sincronizar la hora. Hay que tener en cuenta que por defecto también el demonio hace de server a todos los clientes. Si queremos que no sea así, añadimos la siguiente línea al /etc/ntp.conf:
cat /etc/ntp.conf ... restrict default ignore ...
y comentamos los otros restrict.
Si no queremos demonio, podemos instalar el paquete ntpdate y ejecutarlo periódicamente (en debian el comando es ntpdate-debian) con una tarea de cron, sin embargo siempre se recomienda el uso del demonio ntpd
ntp y ntpdate